O Campeonato Brasileiro 2006 será o quarto consecutivo disputado no sistema de pontos corridos, em turno e returno. Neste ano, a competição vai ter um número menor de participantes, 20 clubes, dois a menos do que o ano passado. Ao término do campeonato, os quatro últimos clubes classificados vão descer para a Série B e os quatro primeiros na Série B ascenderão à série A. Nesta edição, o risco de rebaixamento será maior do que a anterior. As informações são do site GloboEsporte.com.

O critério de desempate, para efeito de classificação, será, na ordem: maior número de vitórias, maior saldo de gols, maior número de gols pró, confronto direto, menor número de cartões recebidos e sorteio.  

Este ano, devido à realização da Copa do Mundo, a competição será paralisada no dia 4 de junho, e retorna em 12 de julho, três dias após o encerramento do Mundial.

As vagas brasileiras asseguradas para a Libertadores de 2007 serão ocupadas pelos três clubes melhores classificados no campeonato. O quarto colocado disputa a fase preliminar do torneio continental. Os representantes do Brasil na Copa Sul-Americana de 2007 serão ocupadas pelo campeão e pelos clubes classificados nas sete posições subseqüentes às dos clubes classificados para a Libertadores.

Os novos contratos de atletas para que atuem no campeonato poderão ser registrados até o dia 22 de setembro. Qualquer jogador vai poder trocar de clube ao longo do competição, desde que tenha atuado por um número máximo de seis partidas pelo time de origem, respeitados os prazos de registros estabelecido pelo regulamento. Só é permitida uma troca de clube por atleta.