O FBI anunciou a primeira grande reestruturação da história, depois de uma série de críticas por ter deixado passar pistas que poderiam ter evitado os ataques terroristas de 11 de setembro de 2001 nos Estados Unidos. O diretor do órgão, Robert Mueller, admitiu a necessidade de mudar ao apresentar um plano com 10 prioridades, sendo a principal a luta contra o terrorismo.

A reestruturação deverá reforçar expressivamente as fontes voltadas para o contra-terrorismo, com a contratação de centenas de novos agentes, a adoção de treinamentos específicos e a redefinição da relação entre a sede do FBI e os escritórios regionais.  Como parte da reestruturação, 520 agentes do FBI serão transferidos de investigações criminais para a prevenção do terrorismo. O órgão quer contratar mais 900 agentes até setembro. Também será criada uma força-tarefa conjunta contra o terrorismo na sede do FBI, simultânea à formação de "equipes voadoras", que coordenarão investigações nacionais e internacionais. Haverá, ainda, maior cooperação entre o FBI e a CIA, a agência de inteligência americana.

A última reforma no FBI ocorreu após a posse do novo diretor, Louis Freeh, em 1993, que fundiu departamentos, extinguiu divisões e escritórios e transferiu centenas de agentes de posições administrativas para investigativas. Atualmente, o FBI emprega 11,4 mil agentes, e mais de 16,4 mil funcionários administrativos e técnicos.