Os colégios eleitorais bolivianos começaram a fechar as portas depois das 16h (18h de Brasília) após um dia tranqüilo de votação, que ficou confuso no final devido a queixas de cidadãos que foram impedidos de votar. Pouco antes de fechar a maioria dos colégios, vários cidadãos denunciaram que não puderam votar porque seus nomes estavam mal registrados, não apareciam ou tinham sido transferido de suas zonas eleitorais para outras sem aviso prévio das autoridades.

Segundo o vogal da Corte Nacional Eleitoral Salvador Romero, após as eleições municipais de 2004, as autoridades excluíram das listas mais de 1 milhão de cidadãos por diferentes motivos, como morte, abandono do país ou por não exercer sua obrigação de votar naquelas eleições. Mais de 3,6 milhões de bolivianos estavam convocados às urnas para escolher presidente, vice-presidente, 130 deputados, 27 senadores e, pela primeira vez, nove governadores regionais ou governadores regionais